Вода Алаколя по составу морская и включает почти всю таблицу Менделеева ( кроме йода ), что способствует лечению многих заболеваний. Алакольская впадина относится к зоне недостаточного увлажнения и является прекрасным климатологическим местом для лечения легочных заболеваний.

В центральной части озера расположен архипелаг из трех островов на котором в 1998 г. был создан Алкольский государственный природный заповедник. Алаколь является важнейшим перекрестком миграционных маршрутов пернатых странников в Центральной Азии, летящих с далеких индийских и африканских зимовок. Именно на Алакольских озерах после утомительных перелетов находят покой и отдых сотни тысяч птиц, среди них занесенные в Красную книгу: розовый и кудрявый пеликан, Лебедь-кликун, савка, орлан-белохост, змееед, журавль-красавка, дрофа и другие. Известны залеты и таких редких птиц, как фламинго, каравайка, малая белая цапля.

Алаколь богат рыбой: белый окунь, госый осман, одноцветный губач, озерная и речная маринка, сазан, судак и карась. Вдоль северного и северо-восточного побережий озера и в устьях рек водится ондатра. В тростниковых зарослях встречаются пятнистая кошка, водяная крыса и др.